Es el militar argentino con más condenas a prisión perpetua en la historia argentina. Recibió un total de 13 condenas a prisión perpetua por sus numerosos crímenes de lesa humanidad.
Fue hallado culpable por 282 desapariciones de personas en el campo de concentración La Perla-La Ribera en Córdoba, además de 52 homicidios, 260 secuestros y 656 casos de torturas.
Estando detenido por varias causas sobre la represión en el III° cuerpo de Ejército, fue indultado por el presidente Carlos Menem en 1990, días antes de que se iniciara el juicio en su contra.
Posteriormente, en 2005 la justicia declaró inconstitucionales los indultos al Gral. Menendez y fue procesado por delitos de lesa humanidad.
El 24 de julio de 2008, en la primera de las causas penales en su contra que llegó a juicio, el Tribunal Oral Federal Nº 1 de la Ciudad de Córdoba lo condenó a prisión perpetua, en carácter de coautor mediato, por el secuestro, tortura y desaparición de cuatro militantes del Partido Revolucionario de los Trabajadores (PRT), en 1977 en La Perla.
Entre otras causas, Menéndez está implicado en la llamada Masacre de Las Palomitas, ocurrida en julio de 1976 cuando fueron fusilados doce detenidos en Salta. Fueron sacados de una unidad penal y asesinados en un enfrentamiento fraguado en el paraje Palomitas, (departamento General Güemes), en el sur de la provincia a unos 50 km de la capital provincial salteña.
El 27 de julio de 2003 el presidente Néstor Kirchner mediante el Decreto 420/03 modificó el criterio de rechazo de las extradiciones sustentado hasta ese momento ordenando “obligatoriedad del trámite judicial” solicitado por la Justicia española, y abriendo así el camino a la extradición efectiva de los militares requeridos.
Durante el juicio de 2008, Menéndez reivindicó el accionar de las FFAA y de Seguridad durante la “guerra contra la subversión”, culpando a los guerrilleros como quienes comenzaron “la guerra”, al atacar a gobiernos democráticos en las décadas del 60 y 70. Por otra parte, se hizo responsable de todas las acciones que hubieran ocurrido bajo su jurisdicción, desvinculando a todos sus subalternos.
Tras la confirmación por parte de la Corte Suprema de Justicia de la condena a prisión perpetua que dictó en 2008 el Tribunal Oral Federal de Tucumán, Menéndez fue dado de baja del Ejército, lo cual implicó la pérdida de su rango y su condición de militar, a través de una resolución del Ministro de Defensa Arturo Puricelli el 27 de mayo de 2011.
El 11 de diciembre de 2009 fue condenado junto con otros represores a prisión perpetua por el crimen de Albareda, un ex-subcomisario de la década del 70. Es la tercera condena para el ex general. En 2010 recibió nuevas condenas cuando fue hallado culpable de delitos de lesa humanidad.
El 4 de julio de 2014 se le sumó una nueva condena a cadena perpetua al ser hallado responsable junto con Luis Fernando Estrella por el asesinato del obispo de La Rioja Enrique Angelelli.
El 25 de agosto de 2016 recibió otra condena a cadena perpetua, en el marco de la megacausa judicial La Perla en la provincia de Córdoba, en la que se juzgaron por primera vez hechos cometidos antes del golpe de 1976 como delitos de lesa humanidad.
Murió el 27 de febrero de 2018, en el Hospital Militar de la ciudad de Córdoba, donde estaba internado desde el día 7 de febrero por una dolencia cardíaca.
